健康档案管理服务包含：社区档案、家庭档案、个人健康档案等功能。
居民健康档案管理系统
居民健康档案管理是整个全民健康信息平台重要组成部分。它一方面承担全民健康信息平台中有关居民健康档案、社区档案的管理，另一方面是向各级各类医疗卫生计生机构和管理部门提供日常基本信息服务系统的快捷通道，可有效简化相关业务系统的集成应用。采集基本信息建立个人健康档案，支持基本信息的批量导入。
社区档案是根据区划、年份、机构等条件查询社区档案资料，采集乡镇/街道、村/居委会的基础信息，建立社区档案。
家庭档案是家庭中是否有7岁以下儿童、孕产妇、65岁以上老年人等服务重点人群。家庭档案中的人员信息要与个人健康档案中的信息进行关联。
个人健康档案是分权限通过姓名、身份证号、健康卡号等方式对管理对象进行查询定位、调阅健康档案各相关信息。为建档对象提供健康干预措施和管理服务的建议。提供建档对象对健康档案管理和信息维护等综合服务满意度调查功能。
